Plăţile prin Progamul SAPARD au fost suspendate după o misiune de audit a Comisiei Europene ce a avut loc în prima jumătate a lunii iunie 2008. Aceasta făcea parte din procedura de monitorizare pe care serviciile CE o efectuează anual şi a avut rolul de a face recomandări privind îmbunătăţirea sistemului de implementare a programului SAPARD.