În anii ’50 a început o campanie de săpături sub Basilica Sfântul Petru, în căutarea osemintelor celui ce-a fost „stânca” pe care Hristos şi-a clădit Biserica. Vreme de zece ani, muncitorii şi arheologii au scos la iveală vestigii vechi de secole, în ceea ce semăna cu un adevărat cimitir subteran.
Cu mare atenţie, pentru a nu distruge fundaţia, au reuşit să ajungă în zona în care, potrivit Bisericii Catolice, ar fi fost îngropat Sfântul Petru în anul 66 după Hristos. Undeva, sub altarul Basilicii a fost descoperită o nişă ce conţinea scheletul fără un picior al unui bărbat. În 1950, Papa Pius al XII-lea a anunţat că oasele nu pot fi atribuite cu siguranţă părintelui Bisericii Creştine, pentru ca aproape 30 de ani mai târziu Papa Paul al VI-lea să susţină că acolo a fost îngropat, într-adevăr, Sfântul Petru.
S-a ajuns la concluzia că bărbatul respectiv, decedat la 60-70 de ani, a fost răstignit, exact ca şi Sfântul Petru, iar când a fost dat jos de pe cruce i s-a tăiat un picior. Cuvintele scrijelite în limba greacă pe perete, PETRON ENI, în traducere „Petru este înăuntru”, au fost un argument în plus pentru ca Vaticanul să susţină că osemintele aparţin Sfântului Petru. Disputa ştiinţifică pe această temă continuă însă, ca de altfel şi cea cu privire la identificarea, în 2006, a locului unde a fost înhumat Apostolul Pavel.
